Изменение местоположения делится на два случая:

1. Если вы еще не начали установку LNMP и заранее подготовились. В этом случае это достаточно просто. Решение:

Просто измените файл конфигурации lnmp.conf в директории установочного пакета LNMP.

Измените MySQL_Data_Dir на желаемое местоположение. Default_Website_Dir указывает на директорию для хранения сайта.

2. После установки LNMP, как изменить каталог хранения сайта и каталог базы данных MySQL?

Изменение каталога хранения сайта: вам необходимо изменить соответствующий файл конфигурации виртуального хоста, обновив директорию после root на новую. Затем выполните: cp -a старый_каталог новый_каталог и chown www:www -R новый_каталог.
(Если вы используете LNMP1.2, вам также потребуется изменить директорию в файле .user.ini в каталоге сайта. См. раздел “Прочие вопросы” в https://lnmp.org/faq/lnmp-vhost-add-howto.html.)

Изменение каталога MySQL:

1. Остановите сервер MySQL с помощью команды /etc/init.d/mysql stop.

2. Создайте новый каталог, например, /data/mysql/, затем выполните команду cp -a /usr/local/mysql/var/* /data/mysql/.

3. Установите права доступа, выполнив команду chown mysql:mysql -R.

4. Измените файл конфигурации: в директории /data/mysql/ измените файл /etc/my.cnf, найдите секцию [mysqld] и добавьте строку datadir = /data/mysql/, затем сохраните изменения.

Если вы используете innodb, также необходимо изменить innodb_data_home_dir и innodb_log_group_home_dir на новое значение /data/mysql, после чего запустите MySQL.

На этом изменения завершены. Затем перезапустите LNMP, выполнив команду lnmp restart.